首先，要先在工商局办证大厅窗口领取《公司变更登记申请表》。随后，到工商局办证大厅办理变更营业执照，这其中，注意填写公司变更表格，加盖公章，并携带相关资料。之后，到质量技术监督局办理变更组织机构代码证，填写企业代码证变更表格，并加盖公章，整理相关资料去办理。第四，到税务局变更税务登记证。

在公司股权转让程序中还有很多的注意问题。第一，在股权交易中，转让方式纳税义务人，而受让方是扣缴义务人，履行代扣代缴税款的义务。第二，在股权转让交易后至企业变更股权登记前负有纳税义务或代缴义务的转让方应到主管税务机关办理税务缴纳。第三，股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的企业，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记的时候，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关部门申报。第四，股权交易时应注意双方诚实合作，不弄虚作假，出现问题协商不一致应注定找到相关机关协商。

公司股权转让程序不是很繁琐，但是注意事项很多，希望在股权转让时双方应小心谨慎。