《企业所得税法实施条例》（国务院令第512号）第三十四条规定，企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。

《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）第一条规定，《企业所得税法实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：(一)企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；(二)企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；(三)企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；(四)企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。(五)有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。

《国家税务总局关于雇主为雇员承担全年一次性奖金部分税款有关个人所得税计算方法问题的公告》（国家税务总局公告2011年第28号）第四条规定，雇主为雇员负担的个人所得税款，应属于个人工资薪金的一部分。凡单独作为企业管理费列支的，在计算企业所得税时不得税前扣除。

综上，你公司负担员工工资的个人所得税，如通过“应付职工薪酬”科目核算，属于工资薪金的一部分，可以从企业所得税前扣除；如未通过“应付职工薪酬”科目核算，单独计入管理费的不得从企业所得税前扣除。