根据保亭大学核算与管理的基本要求，在新制度的实施过程中，实行多个终端，各核算终端分别顺序编号的办法，经过几个月的运行，我们发现，新制度有其优点，具有超前性，但也有明显的不足，根据我们的体会，特提出如下看法。
　　
　　1.核算的细分化与管理的粗放化不相适应。
　　
　　在新旧制度接轨的过程中，我们充分认识到新制度的最大优点是核算的细分化。原会计制度只有“经费支出”和“预算外支出”核算所有的支出内容，而收入的核算也只有拨入经费和预算外收入两个总帐科目，收支核算体现为粗线条的格局。新制度打破了预算内外的界限，实行大收大支的核算模式，同时，对收、支两个方面的核算予以细分化处理，较为科学地处理教学、管理、服务等部门的核算要求。但是，新制度与高校目前的管理水平不相适应，我国高等学校的基础管理水平基本处于大而全、小而全又水平比较低的状况，短期内难以改变现状；另一方面，改善基础管理水平又需要大量的投资，当前的财力状况也不允许进行大规模的投资改造。因此，新制度是好的。但与目前的管理水平很难适应，只有在实施过程中，不断加强基础管理水平，提高各级管理人员的素质，才能够发挥新制度的核算、管理潜能。现在只能这样说，新制度只是向进行人才成本核算迈出了决定性的一步，但这一步在何处落脚、效果如何却不能最后确定。
　2.科目设置需完善、规范。
　　
　　任何行业会计制度的基本要求是，总帐科目和一级明细科目由行业部门统一制订，各单位只有少用的权力而没有增加的权力。高等学校会计制度也不例外，应该严密规范总帐和一级明细科目。事实上，根据我们的认识，新制度的科目设置有部分需要完善、规范。
　　
　　其一，社会保障费应升格为“社会保障支出”，作为总帐科目进行核算，同时，将离退休人员保障支出作为“社会保障支出”的一级明细科目。这样“社会保障支出”的明细科目可包括医疗费、离退休人员保障费、社会保险费、其他四个方面。表面上来看，这样处理与其他支出科目的核算内容不相一致，但是，这种不相一致正体现了核算的多样化和核算为管理服务的基本要求，基于管理的需要，制订具体的核算办法。另外，从我国财政管理体制的要求来看，社会保障支出作为一项重要的财政支出地位越来越重要，事业单位的资金来源主要来自于财政拨款，应在这方面予以充分的体现。
　　
　　其二，科目设置应体现收支配比的基本原则。我认为，实行大收大支的核算方式，应引入收支配比的会计核算原则，不但校级财力的大收大支须实行收支配比，最终在事业基金余额中得以体现，各具体的科目也应实行收支配比。新制度的各项规定没有完全做到这一点。“其他收入”没有与之配比的“其他支出”，很可能形成一块各部门都来争抢的无具体用途的资金来源；“科研支出”对应着“科研经费拨款”和“科研事业收入”，难以确定其间的对应关系。科研项目具有很强的专项目的，只有采用项目核算的办法，明确各项目的经费余额来达到一定的管理目的。难以按照制度的要求，在“科研支出”中分别反映“科研经费拨款”的支出和“科研事业收入”的支出。
　　
　　3.“事业基金”余额是否真的属于学校支配。
　　
　　这是一个事关学校自主权和自身利益的重大问题，直接与学校可支配资金大小有关，也与财政核拨补助收入有关。
　　
　　新《高等学校会计制度》总说明第五条规定，高等学校会计核算一般采用收付实现制，但经营性收支业务的核算采用权责发生制。现在，经营性业务一般实行独立核算，制度在此作出规定并无多大用处，关键在于前者，直接影响着事业基金的真实性。收付实现制以货币资金的进出作为权力转移的标志，许多支出未报的应收及暂付款，其权力已经转移，但在核算上却只能将其作为财产的一部分，构成净资产（即事业基金）的贷方余额（或增加数）；许多应付及暂存款是一项货币资金流入，表现为单位的资金来源，已流入本单位，其权力也已经“流入”本单位，我们却将其作为一项负债，最多只能算是“代管”而已，将其作为资产的抵减项目，减少了事业基金。这样，前者属货币流出但属于事业基金的增加，后者属货币流入但属于事业基金的减少，显然存在着相互矛盾的方面，事业基金的真实性必然存在问题。