在海南自贸区内注册设立电子商务公司时，按照内资注册和外资注册的不同，办理营业执照的流程不尽相同。而内资电子商务公司和外商投资电子商务公司的注册办理，也会因经营范围的差异而产生不同。大致来说，可分为下列几种不同情况：

在海南自贸区内注册设立内资电子商务公司：

1、内资公司如经营范围仅为电子商务的，按照一般企业设立流程办理即可；

2、如经营范围涉及登记前置审批事项的，应当依法报经相关审批部门审批后，凭许可文件、证件向登记部门申请营业执照；

3、如经营范围涉及后置审批事项的，先申请营业执照，然后至相关职能部门办理许可文件、证件，方可从事此项业务。

在海南自贸区注册设立外商投资电子商务公司：

1、经营范围如不涉及增值电信业务，可在自贸区管委会（各片区管理局）办理备案手续，并在自贸区市场监督管理局申请企业设立登记；

2、经营范围如涉及增值电信业务，根据不同的业务类型在自贸区管委会（各片区管理局）办理外资备案或审批手续，然后向海南市工商行政管理局申请办理营业执照，并凭营业执照向工信部或海南市通信管理局申请相关许可证。